（一）综合处。负责中心日常运转，承担文秘、会务、信息、信访、档案、保密、财务预算、审计和后勤工作。组织起草综合性材料、重要文件。

（二）港航发展处。承担全省水路交通运输许可管理和执法指导的技术性工作。承担行业统计、运行分析和宣传工作。开展综合交通运输发展战略、政策的相关研究工作。协助开展行业信用管理工作。

（三）工程处。协助编制综合交通运输体系规划及港口、航道等专项规划。协助开展水运建设项目的前期工作、投资计划和预算编制、项目后评价有关工作。协助督导水运建设项目实施，承担水运建设项目及港口岸线使用的审批备案和建设市场监管的技术工作。协助推进行业绿色发展和节能减排工作。

（四）海事处。协助省管内河船舶登记、适航管理和船员管理，承担省管通航水域通航环境、秩序管理和防治船舶污染监督管理的技术工作。组织开展省管通航水域水上交通事故的调查处理。协助指导渡口渡船安全监管工作。

（五）船舶检验处。承担船舶法定检验和监督管理的技术工作。承担全省船舶检验机构和人员资质管理，以及船舶检修检测服务机构有关安全质量、技术条件的管理工作。协助推进船型标准化等技术进步。承担智慧港航建设和科技创新、推广应用工作。

（六）渔船检验处（安全应急处）。承担渔业船舶法定检验和监督管理的技术工作。承担全省渔业船舶检验机构和人员资质管理。承担渔业船舶设计和制造单位的技术条件评价工作。承担渔业船舶及重要船用产品的技术审查和检验工作。协调组织较大水上交通、船舶污染突发事件应对和水上搜救工作。协助开展港航安全生产事故的调查处理工作。承担水路交通运输行业安全生产和应急管理的技术工作。

（七）港口处。承担危险货物港口建设项目安全条件和安全设施设计的技术审核。承担港口市场监测、运行分析。协助指导全省港口引航和海铁联运相关工作。

（八）航运处。协助推进江海河联运发展和水路运输结构调整。承担水路运输市场监测、运行分析，承担水路运输经营许可的技术审核工作。协调重点物资、紧急客货、水路军事运输和交通战备工作。

（九）航道处。承担航道保护和养护管理的具体工作。承担航道通航条件影响评价和过船建筑物运行方案的技术审核。承担航道专项养护工程计划编制与实施管理的具体工作，协助开展全省航道例行养护管理工作，组织技术考核。协助指导航道和船闸运行管理。

（十）人事处。负责中心的干部人事管理工作。负责离退休干部服务管理工作。

机关党委。负责中心党的建设和群团工作。

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